Luca Parca

INFORMAZIONI PERSONALI

Luca Parca

 Via Appia Nuova 991, 00178, Roma, Italia

 +39 3928211946

 luca.parca@gmail.com

Sesso Maschile| Data di nascita11/11/1985 | Luogo di nascitaRoma | NazionalitàItaliana

ESPERIENZA PROFESSIONALE

01/07/2021 – attualmente in corso

Ricercatore

Agenzia Spaziale Italiana, Unità Volo umano e Sperimentazione Scientifica

• Space biology
• Machine learning
• Project managing
• Insegnamento del corso di "Proteogenomica Computazionale" nel corso di laurea magistrale in Bioinformatica presso l'Università di Roma “Tor Vergata”.

SettoreSpace biology

01/09/2019 – 30/06/2021

Ricercatore

Laboratorio del Dott. Tommaso Mazza, Casa Sollievo Della Sofferenza, Istituto Mendel

• Network biology
• Machine learning
• Biostatistics
• Insegnamento del corso di "Proteogenomica Computazionale" nel corso di laurea magistrale in Bioinformatica presso l'Università di Roma “Tor Vergata”.

SettoreAI, network biology

01/09/2016 – 31/08/2019

Assegnista di ricerca

Laboratorio della Prof. Manuela Helmer Citterich,Università di Roma “Tor Vergata”

• Analisi di dati di farmacogenomica, trascrittomica e fosfoproteomica per la predizione e la caratterizzazione di meccanismi di risposta a farmaci in linee cellulari tumorali
• Analisi di dati di proteomica per l'identificazione di variazioni compartimento-specifiche nelle quantificazioni proteoiche
• Insegnamento del corso di "Proteogenomica Computazionale" nel corso di laurea magistrale in Bioinformatica presso l'Università di Roma “Tor Vergata”.
• Responsabilità come Local Technical Coordinator (LTeC) dell'Università di Roma "Tor Vergata" per ELIXIR-IIB.

SettoreFarmacogenomica, trascrittomica e proteomica

07/01/2013 - 30/06/2016

Post-doc fellow

Laboratorio del Dr. Peer Bork, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Germania

• Analisi strutturale e evoluzionistica della regolazione tramite modifiche post-traduzionali delle interazioni proteina-proteina
• Analisi di variazioni del segnale, morfologia-dipendente, nell'analisi proteomica quantitativa di campioni tumorali
• Caratterizzazione della regolazione tramite modifiche post-traduzionali del nucleoporo umano

Settore Proteomica e biologia strutturale

ISTRUZIONE E FORMAZIONE

01/11/2009 – 20/12/2012

Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare

Laboratorio della Prof. Manuela Helmer Citterich,Università di Roma “Tor Vergata”

• Analisi di strutture proteiche e siti di legame proteici
• Identificazione di siti di legame modulari e analisi di motivi strutturali per nucleotidi in strutture proteiche

01/03/2011 – 30/09/2011

Internship all'estero come Dottorando

Laboratorio del Dr. Peer Bork, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Germania

• Analisi della conservazione e coevoluzione di modifiche proteiche post-traduzionali

01/10/2007 – 02/10/2009

Laurea Magistrale in Bioinformatica

Laboratorio della Prof. Manuela Helmer Citterich,Università di Roma “Tor Vergata”

• Identificazione e caratterizzazione funzionale di siti di legame per il fosfato in strutture proteiche
• Laurea conseguita con il punteggio di 110/110 cum laude
• Premio "Sebastiano e Rita Raeli" (2010) per i risultati conseguiti durante gli studi all'Università di Roma "Tor Vergata"

01/10/2004 – 19/07/2007

Laurea Triennale in Biologia Molecolare e Cellulare

Laboratorio della Prof. Manuela Helmer Citterich,Università di Roma “Tor Vergata”

• Analisi di motivi strutturali conservati e condivisi tra proteine non omologhe
• Laurea conseguita con il punteggio di 110/110 cum laude

Pubblicazioni

Partecipazioni a conferenze e associazioni

• Parca, L., Gherardini, P. F., Helmer-Citterich, M., & Ausiello, G. (2011). Phosphate binding 
sites identification in protein structures. Nucleic acids research, 39(4),1231–42.
• Parca, L., Mangone, I., Gherardini, P. F., Ausiello, G., & Helmer-Citterich, M. (2011). Phosfinder: a web server for the identification of phosphate-binding sites on protein 
structures. Nucleic acids research, 39 (Web Server issue), W278–82.
• Minguez, Pablo, Parca, L., Diella, F., Mende, D. R., Kumar, R., Helmer- Citterich, M., Gavin, A.-C., et al. (2012). Deciphering a global network of functionally associated post- 
translational modifications. Molecular Systems Biology, 8(599), 1–14.
• Minguez, P., Letunic, I., Parca, L., & Bork, P. (2012). PTMcode: a database of known and predicted functional associations between post-translational modifications in proteins. 
Nucleic Acids Research, 41 (D1): D306-D311.
• Parca, L., Gherardini, P. F., Truglio, M., Mangone, I., Ferrè, F., Helmer- Citterich, M., & 
Ausiello, G. (2012). Identification of nucleotide-binding sites in protein structures: a novel 
approach based on nucleotide modularity. PloS one, 7(11), e50240.
• Parca, L., Ferré, F., Ausiello, G., Helmer-Citterich, M. (2013). Nucleos: a web server for the identification of nucleotide-binding sites in protein structures. Nucleic acids research, 
41 (Web Server issue), W281-5.
• Minguez, P., Letunic, I., Parca, L., Garcia-Alonso, L., Dopazo, J., Huerta-Cepas, J., Bork, 
P. (2014). PTMcode v2: a resource for functional associations of post-translational modifications within and between proteins. Nucleic acids research, 43 (Web Server issue), D494-D502.
• Mackmull, M. T., Iskar, M., Parca, L., Singer, S., Bork, P., Ori, A., Beck, M. (2015). Histone Deacetylase Inhibitors (HDACi) Cause the Selective Depletion of Bromodomain Containing Proteins (BCPs). Molecular & Cellular Proteomics, 14, 1350-1360.
• von Appen, A., Kosinski, J., Sparks, L., Ori, A., DiGuilio, A.L., Vollmer, B., Mackmull, M.T., Banterle, N., Parca, L., Kastritis, P., Buczak, K., Mosalaganti, S., Hagen, W., Andres-Pons, A., Lemke, E.A., Bork, P., Antonin, W., Glavy, J.S., Bui, K.H., Beck, M.(2015) In situ structural analysis of the human nuclear pore complex. Nature, 526, 140-143.
• Ori, A., Iskar, M., Buczak, K., Kastritis, P., Parca, L., Andrés-Pons, A., Singer, S., Bork, P., and Beck, M. (2016) Spatiotemporal variation of mammalian protein complex stoichiometries. Genome Biology, 17:47, DOI 10.1186/s13059-016-0912-5.
• Betts, M., Wichmann, O., Utz, M., Andre, T., Petsalaki, E., Minguez, P., Parca, L., Roth, P.R., Gavin, A.C., Bork, P., Russell, R.B. (2017) Systematic identification of phosphorylation-mediated protein interaction switches. PloS Computational Biology (13), 3: e1005462.
• Buczak, K., Ori, A., Kirkpatrick, J.M., Holzer, K., Dauch, D., Roessler, S. Endris, V., Lasitschka, F.,Parca, L., Schmidt, A., Zender, L., Schirmacher, P., Krijgsveld, J., Singer, S., Beck, M. (2018) Spatial Tissue Proteomics Quantifies Inter-and Intratumor Heterogeneity in Hepatocellular Carcinoma (HCC).Molecular and Cellular Proteomics, 17 (4): 810-825.
• Parca, L., Beck, M., Bork, P., Ori, A. (2018) Quantifying compartment-associated variations of protein abundance in proteomics data. Molecular Systems Biology, 14: e8131.
• Parca, L., Ariano, B., Cabibbo, A., Paoletti, M., Tamburrini, A., Palmeri, A., Ausiello, G., Helmer Citterich, M. (2018) Kinome-wide identification of phosphorylation networks in Eukaryotic proteomes. Bioinformatics, 35 (3): 372-379.
• Parca, L., et al. (2019) Modeling cancer drug response through drug-specific informative genes (in review). Scientific Reports 9 (1): 15222.
• Adinolfi, M., Pietrosanto, M., Parca, L., Ausiello, G., Ferrè, F., Helmer-Citterich, M. (2019). Discovering sequence and structure landscapes in RNA interaction motifs. Nuncleic Acids Research 47 (10): 4958-4969.
• Petrizzelli, F., Biagini, T., Barbieri, A., Parca, L., Panzironi, N., Castellana, S., Caputo, V., Vescovi, A.G., Carella, M., Mazza, T.. Mechanisms of pathogenesis of missense mutations on the KDM6A-H3 interaction in type 2 Kabuki Syndrome. Computational and Structural Biotechnology Journal 18: 2033-2042.
• Mihaly Varadi, …, Luca Parca, …, PDBe-KB consortium (2020) PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations. Nucleic Acids Research 48 (D1): D344-D353.
• Anna Panza, Stefano Castellana, Giuseppe Biscaglia, Ada Piepoli, Luca Parca, Annamaria Gentile, Anna Latiano, Tommaso Mazza, Francesco Perri, Angelo Andriulli, Orazio Palmieri (2020) Transcriptome and Gene Fusion Analysis of Synchronous Lesions Reveals lncMRPS31P5 as a Novel Transcript Involved in Colorectal Cancer. International Journal of Molecular Sciences 21 (19): 7120.
• Luca Parca, Mauro Truglio, Tommaso Biagini, Stefano Castellana, Francesco Petrizzelli, Daniele Capocefalo, Ferenc Jordan, Massimo Carella, Tommaso Mazza (2020). Pyntacle: a parallel computing-enabled framework for large-scale network biology analysis. GigaScience 9 (10): giaa115.
• V Ferradini, L Parca, A Martino, C Lanzillo, E Silvetti, L Calò, S Caselli, G Novelli, M Helmer-Citterich, FC Sangiuolo (2021). Variants in MHY7 Gene Cause Arrhythmogenic Cardiomyopathy. Genes 12 (6): 793.
• Stefano Castellana, Tommaso Biagini, Francesco Petrizzelli, Luca Parca, Noemi Panzironi, Viviana Caputo, Angelo Luigi Vescovi, Massimo Carella, Tommaso Mazza (2021). MitImpact 3: modeling theresidue interaction network of the Respiratory Chain subunits. Nucleic Acids Research 49 (D1): D1282-D1288.
• Lucia Natarelli, Luca Parca, Tommaso Mazza, Christian Weber, Fabio Virgili, Deborah Fratantonio (2021) MicroRNAs and long non-coding RNAs as potential candidates to target specific motifs of SARS-CoV-2. Non-coding RNA 7 (1): 14.
• Sebastiano Giallongo, Oriana Lo Re, Gabriela Lochmanová, Luca Parca, Francesco Petrizzelli, Zbyněk Zdráhal, Tommaso Mazza, Manlio Vinciguerra (2021) Phosphorylation within Intrinsic Disordered Region Discriminates Histone Variant macroH2A1 Splicing Isoforms—macroH2A1. 1 and macroH2A1. 2. Biology 10 (7): 659.
• Stefano Castellana, Tommaso Biagini, Luca Parca, Francesco Petrizzelli, Salvatore Daniele Bianco, Angelo Luigi Vescovi, Massimo Carella, Tommaso Mazza (2021). A comparative benchmark of classic DNA motif discovery tools on synthetic data. Briefings in Bioinformatics 22 (6): bbab303.
• Simone Di Sanzo, Katrin Spengler, Anja Leheis, Joanna M Kirkpatrick, Theresa L Rändler, Tim Baldensperger, Therese Dau, Christian Henning, Luca Parca, Christian Marx, Zhao-Qi Wang, Marcus A Glomb, Alessandro Ori, Regine Heller (2021) Mapping protein carboxymethylation sites provides insights into their role in proteostasis and cell proliferation. Nature Communications 12, 1: 6743.
• G Pepe, A Guarracino, F Ballesio, L Parca, G Ausiello, M Helmer-Citterich (2022). Evaluation of potential miRNA sponge effects of SARS genomes in human. Non-coding RNA Research 7 (1): 48-53.
• Gerardo Pepe, Chiara Carrino, Luca Parca, Manuela Helmer-Citterich (2022). Dissecting the Genome for Drug Response Prediction., Data Mining Techniques for the Life Sciences: 187-196.
• Di Fraia, D., Anitei, M., Mackmull, M.T., Parca, L., Behrendt, L., Andres-Pons, A., Gilmour, D., Helmer Citterich, M., Kaether, C., Beck, M. Ori, A. (2022) Conserved exchange of paralog proteins during neuronal differentiation. Life Science alliance 5 (6): e202201397.
• Gerardo Pepe, Luca Parca, Lorenzo Viviani, Gabriele Ausiello, Manuela Helmer-Citterich (2022). Variation in the co-expression profile highlights a loss of miRNA-mRNA regulation in multiple cancer types. Non-coding RNA Research 7 (2): 98-105.
• Salvatore Daniele Bianco, Luca Parca, Francesco Petrizzelli, Tommaso Biagini, Agnese Giovannetti, Niccolò Liorni, Alessandro Napoli, Massimo Carella, Vincent Procaccio, Marie T Lott, Shiping Zhang, Angelo Luigi Vescovi, Douglas C Wallace, Viviana Caputo, Tommaso Mazza (2923). APOGEE 2: multi-layer machine-learning model for the interpretable prediction of mitochondrial missense variants. Nature Communications 14 (1): 5058.

• Componente dello Scientific Organization Committee per il workshop “A tavola nello spazio: Produzione, conservazione e preparazione di cibo”.
• Chair ASI (2023) – Workshop “Potenzialità e opportunità di sviliuppo di sistemi “Lab-on-Chip” in amito spazio”.
• Chair ASI (2023) – Workshop “Biomedicina Spaziale per le future missioni di esplirazione umana dello spazio: a call to action”.
• Relatore all’evento POIWG #51. Presentazione dal titolo “OVOSPACE: Investigating how microgarvity can affect developmental processes in ovarian cells”
• Delegato Italiano alla 65° sessione del COPUOS. Presentazione dal titolo “The Italian scientific research activity in the Minerva mission”.
• Poster and flash talk: Parca L., Computational approach for the identification of kinomes and kinase-specific phosphorylations in eukaryotic proteomes. SIBBM 2018, Rome, Italy.
• Talk: “Phosphate-binding sites identification in unbound protein structures”. BITS conference 14-16 April 2010, Bari, Italy
• Parca L., Gherardini P.F., Helmer Citterich M. and Ausiello G. (2009). Identification of phosphate binding sites in protein structures. BITS conference, 18-20 March 2009, Genova, Italy
• Gherardini P.F., Parca L., Bianchi V., Truglio M., Ausiello G., Helmer-Citterich M. (2010). Using local structural similarity to predict binding sites and increase the affinity of exiting ligands. Neglected Protozoan Diseases conference, 24 September 2010, Paris, France

• Reviewer perPLOS Computational Biology
• Reviewer perPLOS One
• Reviewer perBioinformatics
• Reviewer perISBRA 2010
• Reviewer perICCABS 2011
• Reviewer per ISMB/ECCB 2011
• Reviewer perISMB 2012
• Reviewer perECCB 2012