Genomica E Bioinformatica Dei Microrganismi 2025/2026

Introduzione al corso (3 ore di lezione frontale). Panoramica sulle piattaforme di Next-Generation Sequencing (NGS) e loro utilizzo in microbiologia. Formati di file frequentemente utilizzati in analisi di dati NGS (6 ore di lezione frontale e 3 ore di esercitazioni pratiche). Interrogazioni di databases afferenti all International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) (5 ore di lezione frontale e 3 ore di esercitazioni pratiche). Manipolazione dei file e conversione fra formati ed estrazione dati tramite script ed interfacce web (2 ore di lezione frontale e 2 ore di esercitazioni pratiche). Valutazione della qualità dei risultati di un esperimento NGS (3 ore di lezione frontale e 2 ore di esercitazioni pratiche). Approcci analitici di dati NGS di microbiologia: read mapping e assemblaggio de novo (4 ore di lezione frontale e 3 ore di esercitazioni pratiche). Annotazione di genomi batterici e di virus procariotici (2 ore di lezione frontale e 1 ora di esercitazione pratica). Interfacce web utili per la bioinformatica dei microrganismi(2 ore di lezione frontale e 1 ora di esercitazione pratica). Studio di comunità microbiche. Studio di evoluzione microbica. (4 ore di lezione frontale e 2 ore di esercitazioni pratiche)

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Introduzione al corso (3 ore di lezione frontale). Panoramica sulle piattaforme di Next-Generation Sequencing (NGS) e loro utilizzo in microbiologia. Formati di file frequentemente utilizzati in analisi di dati NGS (6 ore di lezione frontale e 3 ore di esercitazioni pratiche). Interrogazioni di databases afferenti all International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) (5 ore di lezione frontale e 3 ore di esercitazioni pratiche). Manipolazione dei file e conversione fra formati ed estrazione dati tramite script ed interfacce web (2 ore di lezione frontale e 2 ore di esercitazioni pratiche). Valutazione della qualità dei risultati di un esperimento NGS (3 ore di lezione frontale e 2 ore di esercitazioni pratiche). Approcci analitici di dati NGS di microbiologia: read mapping e assemblaggio de novo (4 ore di lezione frontale e 3 ore di esercitazioni pratiche). Annotazione di genomi batterici e di virus procariotici (2 ore di lezione frontale e 1 ora di esercitazione pratica). Interfacce web utili per la bioinformatica dei microrganismi(2 ore di lezione frontale e 1 ora di esercitazione pratica). Studio di comunità microbiche. Studio di evoluzione microbica. (4 ore di lezione frontale e 2 ore di esercitazioni pratiche)

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