Genomica Ed Elementi Di Genetica Statistica 2015/2016

Programma di Genomica ed elementi di genetica statistica A.A. 2015-16 Prof. A. Novelletto

Testo consigliato: Brown, Genomi 3. EdiSES.

Conoscenze preliminari richieste  Fondamenti – Struttura degli acidi nucleici ed espressione genica. Cellule e comunicazione cellula-cellula. I geni nelle famiglie e nelle popolazioni. Amplificazione e ibridazione degli acidi nucleici, clonaggio, metodi di analisi. Capp. 1-3

Argomenti specifici del corso  Sequenziamento del DNA. Dai metodi classici a quelli di nuova generazione. La filosofia shotgun. Come interpretare una sequenza genomica. Capp. 4, 5 e Materiali su didattica-web, Strachan & Read cap. 8

Genomica comparata e genoma umano.  Capp. 7, 8, 9.2

Diversita’ del genoma. Cap. 19 + Tutorial nei siti web consigliati

Evoluzione e cambiamenti genomici Capp. 16, 18

Genomica funzionale. Microarray, ChIP, DNAse hypersensitive sites Capp. 6, 10 Strachan & Read cap. 7

La distribuzione normale, tabelle di contingenza. Vedi testi di statistica 

Identificazione delle regioni cromosomiche contenenti geni per caratteri quantitativi e complessi Strachan & Read capp. 3.4,15, Genetics Handbook http://ghr.nlm.nih.gov/, http://www.genome.gov/20019523

Per la parte statistica: Genetics Handbook http://ghr.nlm.nih.gov/ pp. 71-74 Triola, Triola. Fondamenti di statistica, capp. 2,7 (Pearson ed.) Withlock, Schluter. Analisi statistica dei dati biologici, cap. 9.1-9.3 (Zanichelli)

Lettura obbligatoria (disponibile su DidatticaWeb2.0): Altshuler D, Daly MJ, Lander ES (2008) Genetic mapping in human disease. Science 322: 881-888

Su alcuni argomenti si consiglia di consultare anche Knight, J.C. Human genetic diversity. Oxford Univ. Press.

Siti web da visitare:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174586/

http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/originhaplotype.html.en

http://www.1000genomes.org/about