Andrea Guarracino

CV completo online: https://andreaguarracino.github.io/

• Ricombinazione eterologa nel pangenoma umano (Guarracino et al., 2023, Nature)
• Caratterizzazione della traslocazione Robertsoniana da telomero a telomero
• Sequenziamento Nanopore per studiare la ricombinazione nel lievito
• Sviluppo di un nuovo aligner per genomi interi (https://github.com/waveygang/wfmash)
• Ordinamento e layout dei grafi pangenomici (Heumos*, Guarracino* et al., 2023, bioRxiv)

• Riferimenti pangenomici personalizzati per migliorare la genomica dei tumori

• Costruzione di grafi pangenomici (Garrison*, Guarracino* et al., 2023, bioRxiv) (https://github.com/pangenome/pggb, https://github.com/pangenome/smoothxg)

• Funzionalità del checkpoint dell'assemblaggio del fuso nelle cellule staminali del cancro colorettale
• Sfruttare le aberrazioni cariotipiche e l'instabilità cromosomica nelle cellule staminali tumorali per l'immunoterapia di precisione

• Grafi pangenomici unbiased (Garrison and Guarracino, 2022, Bioinformatics) (https://github.com/ekg/seqwish)
• Implementazione ottimizzata di genomi/grafi dinamici (Guarracino et al., 2022, Bioinformatics) (https://github.com/pangenome/odgi)

• Sviluppo firmware in microcontrollori STMicroelectronics per sistemi embedded ad alta efficienza
• Sviluppo firmware e librerie in piattaforme hardware e software open-source (Arduino/Genuino)
• Sviluppo di software di multi-gestione e applicazioni desktop per la programmazione di sistemi embedded
• Sviluppo di app mobili per la programmazione e il controllo di macchine multi-servizio via Bluetooth
• Implementazione di protocolli di comunicazione proprietari e interfacce a contatto/contactless (RFID)
• Sviluppo e manutenzione di siti web e e-commerce
• Assistenza remota a clienti per l'uso e la programmazione di macchine multi-servizio
• Domanda di brevetto su un sistema universale per fruizione servizi (ITUA20165252, A1) (Brevetto)
• Progettazione di base di semplici circuiti elettrici per controllo attuatori e lettura segnali analogici/digitali

• Vendita prodotti, gestione magazzino e pulizie

• Sviluppo siti web dinamici con Java Server Page, JavaScript, ASP.NET, PHP, MySQL

• Analisi varianti germinali e somatiche su dati di sequenziamento dell'esoma (WES): controllo qualità, abbinamento campioni, contaminazione rRNA, trimming e mapping delle read, variant calling e predizione funzionale
• Stato di instabilità dei microsatelliti (MSI) su dati WES appaiati tumore-normale e solo tumore
• Analisi varianti e di espressione differenziale su dati RNA-seq
• Predizione e prioritizzazione di neoantigeni integrando dati WES e RNA-seq
• Analisi di dati ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)
• Normalizzazione e analisi di correlazione di dati di microarray trascrittomici (Affymetrix)
• Analisi proteomiche e fosfoproteomiche di dati di microarray a fase inversa (RPPA)
• Ricerca sulla caratterizzazione e conservazione della struttura dell'RNA (Pietrosanto, Adinolfi, Guarracino et al., 2021)
• Sviluppo server web per scansione di sequenze e motivi strutturali di RNA (Guarracino et al., 2021)
• Analisi energetiche e funzionali di fosforilazioni applicate in silico su strutture 3D di complessi proteici
• Modellazione di Cox e analisi di sopravvivenza su coorti di pazienti (da TCGA e cBioPortal)
• Procedure di base su macchine High Performance Computing (HPC)

• Sviluppo del workflow per una risorsa pubblica di sequenze per analisi al volo (https://github.com/pubseq/bh20-seq-resource)
• Sviluppo di un browser per grafi pangenomici (https://github.com/graph-genome/graph-genome.github.io)